日常管理是需要每天或经常地进行的工作，有些工作看似十分单纯的作业，但在网箱养鱼中往往由于一时的疏忽而导致养殖失败的事例，在生产实践中是经常发生的，因此不可掉以轻心。主要有以下几个方面：
检查网箱
检查网箱是在鱼种人箱前和人箱后要经常进行的一项工作，除了通过观察外网是否有鱼，标志鱼是否存在或减少等随时检查外，定期地对箱体进行全面而寸分仔缎的检查是十分必要的工作。检查网箱至少应有两人各站网报一端，轻轻将网箱一边网衣拉出水面，从上到下仔细检查，注意尽量不惊扰鱼群。
清除污物
网箱入水一段时间后由于生物附生、有机物附着而造成网目的堵塞，影响水体交换，不利于箱内粪便、残饵的排除和天然饵料、溶氧的补给。清除污物采用的办法有：(1)人工清洗 用手将网衣提起，摆动网衣抖落污物，或用竹竿、树枝条等拍打网衣。堵塞严重的网箱，有条件的可换下，晾干将污物清除后再使用。(2)机械清洗 用高压水枪或潜水泵等冲洗，可以提高工效，减轻劳动强度。(3)生物清污法 利用某些鱼类刮食附生藻类和附着有机物的习性，在网箱中适当混养一些杂食鱼类，如鲤、鲫、鲮、非鲫、细鳞鲴等，能起到清污作用。
预防检查
大风、大浪、暴雨、台风等的袭击及洪水的冲击等，都会给网箱带来灾害。所以在灾害天气预报后，应对网箱进行检查，固定式网箱，检查各部位的牢固程度并加固。若是浮动式网箱，除了加固各部位外，还有必要躲避大风大浪，可把网箱移动到湾、叉或其他安全区域。水位变动剧烈时，要随时调整网箱抛锚绳索，以免发生意外。当灾害性天气过后，也要仔细检查一遍，发现问题及时处理。
鱼病预防
鱼病预防工作与其他形式养鱼相同，可参考鱼病防治一章。但网箱养成鱼鱼病预防也有其特点，网箱是设置在大水体中且鱼群密度很高，因此预防不能照搬池塘养鱼的方法，如不宜使用全箱泼洒等方法。首先，饵料配方要合理，投饵量要适当，防止因饵料配方不当引起鱼的营养缺乏症或因饵料不足使鱼体消瘦，发生鱼病。饵料加工杜绝使用霉烂、变质原料，混合各种添加剂时，要搅拌均匀，否则也是引起鱼病的原因。其次，发现病鱼、死鱼及时捞出，要深埋不能乱丢，防止传播病菌或败坏水质。药物预防可采用以下方法：(1)用漂白粉或硫酸铜挂袋、挂篓。每只网箱(中、小型)用2～4只漂白粉篓，每篓装漂白粉100～150克，连续3天。硫酸铜挂袋，每只袋装100克硫酸铜，由于硫酸铜是重金属盐，遇水极易分解，一般在上午使用，下午水温高不宜使用。挂袋后瞬间单位面积内药物浓度升高，网箱密度大，要注意观察鱼的情况，挂袋后2～3天可能影响鱼类吃食。最好选用对鱼类毒害作用较小的敌百虫挂袋，杀灭寄生虫比较安全可靠。
(2)药浴 用药液浸洗鱼体，先将网衣连鱼群一起密集到网箱一边，再用白布作成的大袋从网箱底穿过，将鱼和网衣带水装入袋内，注意不要过分密集，再计算水体，根据鱼病症状使用药液浸洗。
(3)投喂药饵 这是网箱养殖最有效预防鱼病的方法，可以在鱼病发生前，制成药饵预防鱼病。
(4)注射和口服免疫疫苗 是预防鱼病有效的途径，普遍使用的注射疫苗有草鱼出血病免疫苗和鲤鱼几种常见病(烂鳃病、穿孔病、烂尾病)的口服免疫苗。